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（一）改善和維持優良的養殖環境
對于集約化養殖模式而言，防重于治，未患病早預防顯得更為重要。養殖水環境對于鱷龜的健康和生長繁殖非常重要，改善和保持優良的水環境是預防鱷龜疾病發生的根本條件。除了在設計和建造養殖場時選擇水源和周邊環境應符合防病要求，杜絕傳染源外，在養殖水域內合理混養某些水生生物可利于鱷龜的生長和健康。如混養螺獅、少量的濾食性魚類不僅可清除殘飼和過多的浮游生物以改善水環境，而且還可作為鱷龜的活體餌料。
其次，翻塘或清塘消毒時應清除池底過多淤泥，進行池底翻曬，選擇未經風化的生石灰水解沸騰后趁熱全池潑灑或選用漂白粉混拌砂子全塘潑灑以利于徹底消毒殺滅病原微生物。水經沉淀、曝氣或過濾后排入，用消毒劑消毒、中草藥或有機肥育肥3-5 天后放養鱷龜小苗，若是種龜和成龜則無需育肥。放養后根據水體酸堿度定期遍灑生石灰或漂白粉等消毒劑以改善水體的適養性和維持水體良好的微生態平衡。此外，還可選用底質改良劑和水質改良劑或某些絡合物以改善養殖水質和底質。明礬等藥物對于水質改良也有很大的作用，不僅可增加水中溶解氧，還能調節水體pH 和消毒。對于使用多年的老溫室而言，則需進行空氣消毒和池子消毒，采用甲醛熏蒸或與高錳酸鉀反應氣熏，養殖池和水體則選用生石灰或漂白粉等氯制劑徹底消毒。新造溫室則需全池遍灑食用醋浸泡去堿后再排水放養，以免池壁和池底堿性過大損傷小鱷龜表皮，引發疾病發生。
有益微生物制劑的使用也可促進養殖水體的改善。益生菌不僅可避免抗生素的副作用、達到防病治病效果，而且能促進動物生長。近年來，益生菌作為抗生素類藥物的替代物，在養殖業得到愈來愈多的關注。現代微生態學研究表明，微生物在水產養殖中占有重要地位，直接影響產量、物質循環、動物營養、水質、疾病控制和排放水質量。隨著微生物學和微生態學的深人研究，利用益生菌來調節動物體內的微生態平衡、改善養殖生態環境、恢復機體正常生理功能、抑制病原微生物、減少疾病增進健康，正逐漸成為世界范圍內的熱潮。由于益生菌制品沒有殘留，也不會產生抗藥性，必將被廣泛應用于水產養殖業中。其中光和細菌具有獨特的光合作用，能直接消耗利用水中的有機物、氨氮、硫化氫，還可以通過反硝化作用除去水中的亞硝酸錢等污染物，能將養殖水體中的殘餌、糞便等分解并加以吸收利用，避免沉淀池底發酵而產生有害物質，具有很強的水質凈化能力，可大幅度減少換水頻次和換水量，節約能源。而化能異氧菌在養殖水體中則能發揮其氧化、氨化、反硝化、解磷、硫化、固氮等作用，將養殖動物的排泄物、殘存飼料、動植物殘骸等有機物分解為二氧化碳、硝酸鹽、磷酸鹽等，為單細胞藻類生長繁殖提供營養。同時，藻類光合作用又為有機物的氧化分解、微生物及水產養殖動物的呼吸提供溶解氧，從而使養殖水體處于一個良性的生態循環系統。水產養殖中常用的化能異氧菌有假單胞菌、糞鏈球菌、芽孢桿菌和中間氣單胞菌等，其中芽孢桿菌具有多種酶活力，能明顯改善水質，使底層溶解氧增加，化學氧需求降低，改善池塘沉積物中微生物組成，減少養殖水體中總氨氮和亞硝酸鹽含量。硝化細菌也對凈化和調理水質具有良好的作用。
（二）提高鱷龜機體免疫力
增強抗病力是鱷龜防病工作的關鍵。當鱷龜機體健壯時，即便被一些病原微生物侵入，也會因為鱷龜本身的非特異性免疫力被殺滅，不會引發疾病。
科學管理和加強飼養水平，投喂營養全面、優質的飼料對于提高鱷龜機體免疫力極為重要。某些營養成分缺乏或過多會影響鱷龜的生長、發生機能障礙、導致抗病力下降，嚴重時可誘發疾病。故在飼料中添加一些免疫增強劑或微生物制劑不僅可為鱷龜提供多種營養物質促進新陳代謝，還可產生酶類促進消化吸收，更能作用于動物的免疫系統，增強機體對病毒、細菌、真菌和寄生蟲的抵抗力，通過激活巨噬細胞、增強KIller 細胞活性和增加免疫球蛋白的水平等途徑來增強動物機體非特異性免疫和特異性免疫應答。
盡量減少人工操作對鱷龜的應激反應，避免機械損傷。選擇種質優良、健壯的非近親繁育的親本后代也較為重要，尤其是雜交培育抗病力強的鱷龜品種對于其持續養殖更為關鍵。
此外，組織漿滅活疫苗、全菌滅活疫苗、細胞培養滅活疫苗等人工免疫疫苗在經濟水產動物疾病預防上的應用也值得重視。漁用疫苗發展的需求有很大空間，雖然疫苗研制的周期較長，每種疫苗都有其特異的預防對象，不可能廣譜，但疫苗一般不產生環保問題，也不會造成食品安全的隱患，是疾病預防發展的方向。
（三）控制和消滅病原
病原的控制與消滅主要采用藥物方法。在合理養殖的前提下，環境消毒劑的適當使用可控制病原，減少疾病尤其是傳染病的發生，有較好的預防作用。消毒劑的種類較多，目前使用較廣泛的是雙季錢鹽和有機碘類等，對大多數病毒及細菌均有較理想的殺滅作用。
而對于進入鱷龜體內或其水域內的大多數病原在疾病治療時多采用漁藥。選擇不同的藥物、不同的給藥途徑和方法都會影響藥物作用的性質，因此，如何選對藥、用對藥，進行科學用藥和合理用藥在鱷龜疾病治療中甚為關鍵。