刺猬養殖的藥用部分主要是皮，過去的來源主要靠捕捉野生刺猬取皮。野生刺猬每年都有相當的捕獲量。隨著連年捕獲、生存環境的縮小，近些年數量上有明顯下降的趨勢，所以近些年不少地方都開展人工飼養，目前刺猬皮來源人工飼養和野生捕捉兩種渠道。剝制刺猬皮一年四季均可以進行，一般冬季取皮更為合適。

捕到的野生刺猬一般都隨時處死剝皮；家養刺猬一般都在秋后天氣轉涼，皮晾曬過程中不易變質時剝制。其加工過程是，將刺猬皮上殘留的肌肉及附著脂肪除盡，然后用竹片將皮張撐開，或攤平整后用釘子釘在木板上，任其自然干燥，自然干燥是在通風陰涼的地方，不能放在太陽下暴曬，暴曬的刺猬皮滲出油來影響質量。刺猬皮的質量以張面大、干燥、無殘留油脂和肉，無滲出油，刺棘完整，無蟲蛀者為上等品。刺猬膽也有藥用價值，剝制刺猬皮時，將屠體剖腹取膽囊，用線扎緊囊口，掛在陰涼通風處干燥即可。