櫛孔扇貝為雌雄異體，存在雌雄同體的現象。在繁殖季節，雌性生殖腺呈橘紅色，雄性生殖腺呈乳白色，區分明顯。繁殖季節過后，生殖腺退化，雌、雄外觀上完全相同，呈無色半透明狀。

櫛孔扇貝每年有兩個繁殖期，第一次在5-7月，水溫14-20℃，第二次約在9-10月，水溫22-20℃。繁殖季節主要與水溫有關，在不同的海區有較大的差異，山東南部沿海，5月上中旬進入繁殖盛期；而在長島北部島嶼海區，6-7月份才進入繁殖盛期。

除水溫以外，生殖腺植樹的變化也是確定繁殖季節的一個重要依據，生殖腺指數平均達到15%時進入繁殖期。

在繁殖季節有多次排放的習性，第一次排放后，經過一周左右又可排放，殼如此反復多次。產卵量隨個體的增大而增加，殼高6-7cm的兩齡倍，懷卵量800萬-1000萬粒，一次產卵量200萬粒左右，殼高8-9cm的3齡貝，懷卵量為1500萬粒，一次產卵量400萬粒左右。成熟卵子直徑70微米左右，精子全長50微米左右。