百香果的病害較少，生產上主要存在根腐病，疫霉病和炭疽病。防治病害的主要措施首先是做好排水工作，防止果園積水，尤其是部分水田和低洼地區果園，需防止局部積水導致爛根和誘發病害。

其次是早春在果實采收完畢后，結合修剪清園，將病枝、病葉、病果清出園外燒掉，減少病源。第三是在發現病害后及時用藥除病，用敵克松800倍和托布津或甲基托布津1000倍防治根腐病和炭疽病，用瑞毒每錳鋅1000倍噴霧或涂抹防治疫霉病。百香果的蟲害也不多。

咖啡木蠹蛾

蛀食枝條，導致蟲口上部所有枝條花果逐步干死。平常應留意檢查，在發現柱入口及其下方有蟲糞時，應及時用注射筒將100倍的敵敵畏或氧化樂果注入后用棉花及粘性黃泥密封蛀入口即可殺死害蟲。

其他害蟲

部分地區的新開墾果園可能有白蟻、金龜子、果實蠅、等昆蟲為害，有些地區還可能有蚧殼蟲為害，要留意檢查并及時防治。在果園種植后每株樹離主干1尺遠處放臭丸1至2粒，可以驅趕白蟻。上述其它害蟲可用百分之四十五或百分之五十的馬拉硫磷乳油500至1000倍藥液噴霧，也可用百分之五十的甲胺膦乳油250倍至400倍藥液噴霧。

需要注意的是金龜子在傍晚后活動咬食葉片的，因此，應在傍晚噴藥為好。另外金龜子的幼蟲雞母蟲是在地下活 動危害百香果根系的，如松土施肥時發現也應及時除去，要特別注意的是，在開花結果期不應使用甲胺膦以免產生人畜農藥中毒。

花葉病

[癥狀]紫果百香果病葉呈典型花葉，在嫩葉上尤為明顯，往往有黃點或黃斑出現，頂部新抽出的嫩葉卷曲，老葉褪綠及黃化，病株明顯矮化，生長不良，花果顯著減少。黃果百香果病葉亦呈典型花葉，老葉有黃化斑點，但病株矮化不明顯。上述兩個品種的果實均有石果癥狀發生。用小刀削去石果的外果皮，即可見到果肉中的硬塊。該病毒由棉蚜、桃蚜等傳播。