有機大豆是需肥較多的作物之一，施肥對大豆的優質高產舉足輕重。因此，施肥要根據其品種特性、土壤肥力高低以及栽培措施綜合考慮。一般情況下，每生產100公斤大豆籽粒需吸收氮7.0-9.5公斤、磷1.3-1.9公斤、鉀2.5-3.7公斤。其中以需氮最多，其次是鉀，同時還需要充足的硫、銅、鉬、硼、鋅等中微量元素。大豆所需的氮一部分來自大豆本身根瘤固定的氮，一部分來自土壤和肥料。

在苗期，大豆吸收的氮僅占總量的4%，開花結莢期對氮的吸收量增大，占總量的19%，結莢及鼓粒期對氮的吸收量更大，占總量的70%左右，鼓粒期以后，對氮素的吸收基本停止。大豆從出苗到初花期吸收的磷素僅占總量的15%，開花結莢期占60%，結莢到鼓粒期占20%。鉀素的吸收從出苗到開花期占一生吸收量的32%，這一時期對鉀的吸收高于氮、磷，開花到鼓粒期占吸鉀總量的62%，而鼓粒期到成熟期僅占6%。總之，結莢期是大豆吸收氮、磷、鉀養分最多的時期，而且吸收速度快，如果肥料供應不足，大豆易出現脫肥現象。

1、微肥拌種。根瘤菌粉拌種：每5公斤種子用根瘤菌粉20-30克、清水250克，在盆中把種子與菌粉充分拌勻，晾干后播種。微肥拌種：播種前按每5公斤種子稱取鉬酸銨5-10克，用250克溫水充分溶解鉬酸銨，然后將肥液噴灑在種子上，使肥液與種子充分接觸，晾干后即可播種。對缺硼或缺鋅的地塊，則要用0.05%的硼砂溶液或0.1%的硫酸鋅溶液進行拌種。

2、施足基肥。栽培春有機大豆施用基肥以有機肥為好，一般每畝用腐孰的優質農家肥2000-3000公斤，再配以少量化肥即可。夏大豆由于時間緊，施用基肥則可以速效性有機肥料或化肥為主。在土壤肥力低的地塊，每畝應施氮6-7公斤，磷、鉀各10-12公斤；肥力高的地塊，施氮量宜為4-5公斤，磷、鉀各8-10公斤，撒施后翻耕。

3、巧施追肥。有機大豆追肥要因地、看苗進行，對未施基肥或基肥不足的地塊，就及時進行追肥，一般每畝追尿素3-4公斤或碳酸氫按10-15公斤、過磷酸鈣20公斤、鉀肥10公斤。氮肥可在苗期和初花期各追一半，磷、鉀肥宜早追，追施方法以開溝條施為好；對施足基肥的地塊，也要根據各階段的生長情況追肥，若發現苗弱而黃，可適量補充氮肥，以防止脫肥早衰。開花結莢期是大豆需肥最多的時期，應在開花前5-7天施用一次速效性肥料，每畝可追施尿素2-5公斤、鉀肥7-8公斤，以保證這一時期植株生長對養分的需要。

4、根外補肥。有機大豆進入花莢期是需要各種營養元素最多的時期，而鼓粒期后植株根系開始衰老，吸收能力下降，大豆常因缺肥而造成早衰減產。大豆葉片對養分有很強的吸收能力，葉面噴肥可延長葉片的功能期，對鼓粒結實有明顯促進作用，一般能增產10-20%。方法是：每畝可用磷酸二按1公斤或尿素0.5-1公斤或過磷酸鈣1.5-2公斤，或磷酸二氫鉀0.2-0.3公斤兌水50-60公斤，于晴天傍晚噴施（其中如用過磷酸鈣要先預浸24-28小時后過濾再噴），噴施部位以葉片背面為好。從結莢開始每隔7-10天噴1次，連噴2-3次。