野生狀態下的海貍鼠常棲息在常年不結冰、水生沼澤植物繁茂的溪流、湖泊及沼澤地帶，在雜草叢生中或湖泊岸較陡峭的斜坡挖洞營巢。巢穴直徑40一50cm，洞直徑約20一30cm，道長約200一300cm，洞口常常一半淹沒于水中，一半露于水面上，洞口無偽裝，洞道不分叉。隨著水位、食物、季節的變化和繁殖行為的需要，海貍鼠常常更換棲息地方。

在自然界中，海貍鼠喜采食一些沼澤生植物，如睡蓮、席草、香蒲等植物的根、莖、葉、偶爾也采食河蚌和其它軟體動物。在人工飼養條件下，喜吃具塊根、塊莖和含淀粉豐富的食物，如馬鈴薯、胡蘿卜、箭葉豌豆、青割大麥和小麥等。