不過隨著奶牛行業的發展，奶牛小區也出現了弊端：分戶飼養、人牛混居、單產效率低下、奶源品質參差不齊、疫病難控等問題日益凸顯；而且乳業公司處于主導地位，而奶農則處于被動的地位，奶農僅能通過出售原奶獲得唯一收益，而對于奶價漲跌無法把控。另一方面也帶來了糞尿大量增加并任意排放，對當地環境造成了極其嚴重的影響，其污染問題已引起人們的重視。

奶牛小區只是奶牛養殖模式的一個階段性產物，在競爭日益激烈的市場經濟體制下，小區內小規模、大群體的傳統養殖模式已不再適應市場的要求，改革勢在必行。

奶牛小區改制的呼聲越來越強烈。全國各地都在積極引導和鼓勵奶牛小區采取股份制改造、托管寄養、收購流轉等方式向規模養殖場轉型，2014年部分省份已經邁出了第一步——奶農變股東。以規模奶牛場改造升級為重點，帶動奶牛小區改制轉型，主要是：分別以場地、設備和奶牛入股成立股份制公司，公司完全實行工廠化管理，生活區與養殖區嚴格分開，人再也不用住牛舍了。而且公司股東愿意在公司工作的除正常享受分紅以外，還可以按崗領工資。

奶牛小區改制已經初見成效：農戶合股以后，引入了現代企業經營模式，不僅成立了董事會，實行了經理聘用制，還引進了知識型、能力型人才，開始采用了現代企業的管理制度來進行養殖管理，實現了節本增效。小區用工大幅減少，奶牛患病率低了，產奶量高了。 合股以后，所有的牛集中到了一起，實現了規模飼養，更有利于新技術推廣和新項目開發。公司實現了飼草飼料供應、疫病防治的高度統一，解決了以前單個養殖戶想解決卻又一直解決不了的難題。

奶牛的市場前景廣闊，規模化養殖前景看好，帶動了經濟效益，有著良好的發展空間。為了保證產業的發展，產業實現綠色轉型，帶動農民增收更有后勁。