1、地面堆碼貯藏

選能避免陽光直接照射、空氣流通性好的空屋作貯藏室。室內以土質或鋪墊青、紅磚的地面為佳。先在地面鋪墊一層3～5厘米厚的稻草或麥秸，然后堆放老熟、無損傷的南瓜。堆放時瓜蒂朝里，瓜頂向外，碼成圓錐形。每堆15～20個瓜，高度以5～6個瓜高為宜，大型南瓜的堆碼高度不得超過3層，以利通風同時避免擠壓。初期，將貯藏室的窗戶夜間打開通風換氣，白天關閉遮陽，保持室內空氣新鮮、干燥和涼爽。冬季關閉門窗防寒。

2、架式分層貯藏

在貯藏室內用木或竹搭建分層貯藏架，每層的高度比南瓜高8～10厘米。在每層貯藏架上鋪上稻草或麥秸，厚度以3～5厘米為宜。將南瓜瓜蒂朝里，瓜頂向外排放在架上。架式分層貯藏效果優于地面堆藏。

3、地窖低溫貯藏

在地窖地面上鋪墊3～5厘米厚的細沙或麥秸、稻草，其上堆放2～3層南瓜。也可將南瓜放在分層貯藏架上，窖內溫度控制在7～10℃，相對濕度保持在70％～80％。

注意事項：一是注意優選，適期采收。南瓜不能遭受霜打，采收時瓜蒂處保留3～5厘米長的果梗，防止機械損傷。二是注意貯藏管理。貯藏期間要勤檢查，發現有病斑的瓜立即剔除，以免傳染好瓜。