東北各地多采用地溝凍藏，地溝分活溝和死溝兩種。一般在風障、溫室或立壕北側的遮陽處挖一個寬、深各30厘米或寬70―100厘米，深30―70厘米的活溝。在活溝底順溝長方向挖1―3條寬深各20―25厘米的通風道，通風道峽谷側穿過窖溝的兩端到地面上，通風道上面可稀蔬橫放些單層秫秸，把香菜放在上面貯藏。

供冬藏的香菜，播種期應比直接上市采用松扎袋口的辦法。扎袋時用2厘米粗的木棒插入袋口，扎緊后再抽出木棒，將口邊卷起。貯藏期間不用開袋放風，的晚幾天，收獲期也應晚些，一般在早晚地面結凍，中午融凍時收獲為宜。采收的香菜去掉泥土，摘去黃葉，1―1.5公斤捆成把或撒放在溝內，根身內，葉面撒一層沙土或溝面上蓋一層秫秸，以后隨氣溫下降，分2―3次加覆蓋物，覆土總厚度為20―25厘米。嚴寒的季節可再在上面加蓋草苫，溝內溫度維持在-5―4℃，使香菜葉片凍結，根部不凍為宜，此法可貯到翌年2月底。香菜了出窖后要緩慢解凍，不能急躁。